奈良時代に始まった律令制の根幹は、戸籍・計帳によって人民を把握し、課税の対象とする人別支配であった。しかし、奈良時代後期（8世紀後期）ごろから、課税から逃れたい人民らの偽籍・逃亡・浮浪が次第に顕著となっていった。
平安前期には、人民内部で少数の富豪層と大多数の貧困層（一般百姓層）へと階層の二極分化が進んだ。富豪層は皇族、有力貴族と墾田開発などを通じて関係を結び、一般百姓層を自らの影響下へ置き始めていた。一般百姓層は富豪層の影響下に入ることで、偽籍・逃亡・浮浪をより容易なものとし、人別支配に基づく課税制度は破綻を迎えるようになった。
政府は税収を確保するため、律令制の基本だった人別支配体制を改め、土地を対象に課税する支配体制へと大きく方針転換した。地方に土着した貴族や富豪層は、より一層経済力をつけていった。富豪層と一般百姓層の格差はますます増大し、一般百姓は次第に富豪の支配下に組み込まれていった。富豪層は、自衛のために武装し、武士へと成長していった。
奈良時代末期の770年に称徳（しょうとく）天皇が崩御し、天智天皇系の光仁（こうにん）天皇が60歳前後という高齢ながら即位し、光仁天皇崩御後には桓武（かんむ）天皇が即位した。桓武天皇は、新王朝の創始を強く意識し、自らの主導による諸改革を進めていった。その一環として桓武天皇は平城京から長岡京、さらには平安京への遷都（延暦13年、794年）を断行した。平安遷都は、前時代の旧弊を一掃し、天皇の権威を高める目的があったと考えられている。また、王威の発揚のため、東北地方の蝦夷（えぞ）征服に傾注し、坂上田村麻呂（さかのうえのたむらまろ）が征夷大将軍として蝦夷征服に活躍した。
桓武天皇の次代の平城（へいぜい）天皇は弟の嵯峨（さが）天皇に譲位した後も執政権を掌握し続けようとしたが、嵯峨天皇との間に対立が深まり、最終的には軍事衝突により嵯峨天皇側が勝利した（大同5年/810年、薬子の変）。この事件以降、12世紀中葉の平治の乱まで中央の政治抗争は武力を伴わず、死刑も執行されない非武力的な政治の時代が永らく続くこととなった。嵯峨天皇治世初期は、藤原園人（ふじわら の そのひと）により、百姓撫民（貧民救済）そして権門（有力貴族・寺社）抑制の政策がとられた。これは、律令の背景思想だった儒教に基づく政策であったが、園人の後に政権を握った藤原冬嗣（ふじわらのふゆつぐ）は一変して墾田開発の促進を政策方針とした。律令制の根幹は人別課税だったが、冬嗣は土地課税を重視し、かつ権門有利を志向した。
冬嗣の子藤原良房（ふじわらのよしふさ）が摂関となり、初期の摂関政治が始まった。当時、課税の対象だった百姓らの逃亡・浮浪が著しく、租税収入に危機が迫っていた。冬嗣・良房は墾田開発を促進し、土地課税に転換することで状況に対応しようとしたのである。良房は、政治権力の集中化も進めていき、応天門の変（貞観8年/866年）で、政敵となる貴族を排斥したことで藤原氏の権力拡大と摂関政治が確立されていきます。良房執政期を中心とした時期は、政治も安定し、貞観の治と呼ばれている。良房の養子、藤原基経（ふじわらのもとつね）もまた、良房路線を継承し土地課税重視の政策をとった。基経は畿内に設定した官田の収益を行政経費に充てる施策を行った。
仁和3年（887年）に即位した宇多（うだ）天皇は天皇主導の政治を展開するようになる。宇多天皇は、藤原時平（ふじわらのときひら）と菅原道真（すがわらのみちざね）の両者の補佐により権門抑制策として小農民保護策を進めていった。寛平の治という。宇多天皇が醍醐（だいご）天皇に譲位すると、時平・道真が対立し、道真が失脚することとなった（昌泰4年/901年、昌泰の変）。菅原道真の失脚により遣唐使が実質廃止されることとなった。実権を握った時平は宇多路線を引継ぎ、権門抑制と小農民保護を遂行していった。宇多天皇以来の路線は律令制への回帰を志向したものであり、延喜の治と呼ばれた。
時平の死後、律令回帰路線に否定的な藤原忠平(ふじわらのただひら)が政権を握り、土地課税路線を推進していった。この時期が律令国家体制から王朝国家体制へ移行し、忠平の子孫のみが摂関に就任するという摂関政治の枠組みが確定した。
桓武天皇が軍団制を廃止した結果として、朝廷の治安維持機能がなくなったため、地方の治安は悪化し、日本列島は無政府状態に陥った。群盗行為が横行し始めていた。富豪層は自衛のために武装し、東国などに土着した中級・下級貴族層を取り込み、従前の軍団制に代わる軍事組織として武士団を結成した。朝廷はやむを得ず、武士団に地方の治安維持を担わせる方針をとった。その後、武士団同士の対立や国司に対する不平から、関東では平将門（たいらのまさかど）の乱と瀬戸内海では藤原純友（ふじわらのすみとも）の乱が同時期に発生「双方を称して承平天慶（じょうへいてんぎょう）の乱」し、朝廷は鎮圧に平将門vs平貞盛が率いる平氏、藤原純友vs源経基が率いる源氏の力を借りたので、源平二氏が進出するきっかけにもなった。鎮圧に勲功のあった者の家系は、承平天慶勲功者として正当な武芸の家系と認識された。この時期、摂関家による摂関政治が展開し、中央の貴族や寺社などが朝廷から私的領有支配を認められた農地等の荘園が発達していった。摂関政治体制は藤原道長（ふじわらのみちなが）の時代に全盛期を迎える。この間、朝廷は税収確保のための、社会構造に変革を及ぼすような政策を行っていった。
荘園や公領は特定の領主が私有地として独占的な支配権を持つのではなく、支配単位ごとに上は収税権をもつ朝廷、権門から在地領主として地域に根を下ろした武士などを経て、下は名主層に至る、複数者の権利が重層的にからんでいた。各主体が保有する権利は「職」（しき）とよばれ、職の重層的な体系を基盤として11世紀後期から12世紀に成立した体制を荘園公領制という。複雑な社会構造の変動に、摂関家と天皇家では政治的主導権を掌握できなくなってきた。藤原氏と外戚関係を持たない後三条（ごさんじょう）天皇は、当時の社会変動に伴う課題に自ら取り組んでいった。後三条天皇の子、白河（しらかわ）天皇も積極的に政治に取り組み、譲位して上皇となった後も独自の政策を展開していった。これが院政の開始である。白河天皇は院政のなかで中流貴族を登用し、北面武士（ほくめんのぶし）を軍事力として用いた。また、摂関家の内紛に関与し自らに有利な政治状況を作り上げた。
白河天皇に続く鳥羽（とば）上皇も専制を展開し、伊勢平氏を用いて日宋貿易に力を入れた。また、荘園公領制により各地の荘園を集積し経済的な支配力も強めていった。荘園公領制の進展に伴い、有力貴族などが特定の国の租税収取権を保有する知行国制が実施されるようになった。知行国制により経済的利得権が権門勢家へ集中していった。
鳥羽上皇が崩御すると、皇室・摂関家を巻き込む後白河（ごしらかわ）天皇方と崇徳（すとく）上皇との政争による保元（ほげん）の乱、院近臣らの対立により発生した平治（へいじ）の乱が相次いで勃発。両乱を通じて武士の政治的地位が上昇した。両乱で大きな勲功のあった平清盛（たいらのきよもり）は異例の出世を遂げ、後白河（ごしらかわ）上皇の院政を支えた。しかし、後白河と清盛との間の対立で、清盛は後白河院政を停止し平氏政権を打ち立てた。平氏政権は、各地に地頭や国守護人を設置するなど最初の武家政権としての性格を持っていた。
平氏政権の支配に対して、貴族・寺社層の不満を背景として後白河の皇子以仁王（もちひとおう）が反平氏の兵を挙げたが、すぐに鎮圧された。しかし、平家支配に潜在的な不満を抱いていた各地の武士・豪族層が次々に挙兵し、平氏勢力や各地の勢力の間で5年に渡る治承・寿永（じしょう・じゅえい）の乱【＝源平合戦】が繰り広げられたが、最終的に関東に本拠を置いた武家政権の鎌倉幕府の勝利によって内乱は終結した。この乱の過程で鎌倉幕府は朝廷から東国の支配権、軍事警察権を獲得し、朝廷から独立した地方政権へと成長していた。