旧石器時代人が主に遊動生活だったのに対し、縄文時代草創期には一時的に特定の場所で生活する半定住生活を送るようになっていきました。
古代の日本人は、山、川、海中の島、巨石、巨木、神が宿ると思われるような動物・植物などといった自然物、鏡や剣のような神聖な物体、火、雨、風、雷などといった自然現象の中に、神々しい「何か」を感じ取っていました。この感覚は今日でも信仰の根本として残るものであり、小泉八雲はこれを「神道の感覚」と呼んでいます。
自然は人々に恩恵をもたらすとともに、時には人に危害を及ぼします。古代人はこれを神々しい「何か」の怒り（祟り）と考え、怒りを鎮め、恵みを与えてくれるよう願い、それを崇敬するようになりました。これが後に「カミ（神）」と呼ばれるようになります。このように神に対する考えの変化とともに、岩や器物は神霊の憑依するものと見なされるようになり、鳥や獣も神の使いとして考えられるようになりました。このような信仰も自然崇拝といいます。